Đến nay, toàn tỉnh đã có 12.205 tàu, thuyền được đăng ký. Hiện chỉ còn 565 tàu, thuyền chưa được đăng ký (trong đó 511 chiếc công suất dưới 20CV; 51 chiếc công suất từ 20-44CV và 3 chiếc công suất trên 90CV). Như vậy, công tác đăng ký, đăng kiểm tàu cá thời gian gần đây đã có những chuyển biến tích cực.
 
Để làm tốt việc quản lý các phương tiện thuỷ hoạt động trên lĩnh vực khai thác, đánh bắt và làm dịch vụ thuỷ sản, từ năm 2002, tỉnh cho thực hiện việc phân cấp đăng ký, đăng kiểm tàu cá và là địa phương đi đầu trong cả nước mạnh dạn áp dụng cơ chế này.
 
Theo đó, UBND cấp huyện được phân cấp đăng ký tàu cá có tổng công suất máy chính dưới 45CV, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có nhiệm vụ hướng dẫn các địa phương thực hiện việc đăng kiểm tàu cá. Với sự phân cấp này sau 2 năm thực hiện, toàn tỉnh đăng ký mới được 722 tàu. Tuy nhiên, ngay sau đó, công tác này lại bộc lộ nhiều bất cập, việc đăng ký, đăng kiểm tàu cá lại chững lại, số lượng tàu được đăng ký, đăng kiểm giảm.
 
Từ 2005-2007, hầu như không địa phương nào triển khai thực hiện việc đăng ký, đăng kiểm tàu thuyền, thậm chí có địa phương 3 năm liền không đăng ký mới được tàu cá nào.
 
Thời gian vừa qua khi triển khai thực hiện hỗ trợ cho ngư dân theo Quyết định 289 của Thủ tướng Chính phủ, một trong những điều kiện bắt buộc để được nhận tiền hỗ trợ là ngư dân phải hoàn thành thủ tục đăng ký, đăng kiểm tàu cá mới bộc lộ hết những điều còn bất cập trong công tác này.
 
Thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản Quảng Ninh đã tham mưu cho Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình UBND tỉnh ra Quyết định số 1977 quy định cấp huyện sẽ thực hiện đăng ký cho các tàu cá công suất dưới 20CV và bè cá dưới 50m3.
 
Cùng với đó, UBND tỉnh có Quyết định 1339/2010 phân cấp thực hiện cấp giấy phép khai thác thuỷ sản cho UBND các huyện, thị xã, thành phố. Như vậy, gần 9.000 tàu cá sẽ được cấp huyện đăng ký, đăng kiểm và cấp giấy phép khai thác, chiếm 75% tổng số tàu thuyền trong tỉnh.
 
Ngay khi có Quyết định về sự điều chỉnh, Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản Quảng Ninh đã tổ chức hội nghị cùng với các ngành chức năng của các địa phương bàn biện pháp thực hiện và tiến hành giao nhận hồ sơ đăng ký tàu cá đúng tiến độ; tăng cường số lượng cán bộ chuyên trách trực tiếp tham gia thực hiện đăng ký, đăng kiểm tàu cá; cấp mới, gia hạn, đổi, cấp lại giấy phép khai thác thuỷ sản và được bố trí thường trực tại các trạm bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản Móng Cái, Yên Hưng và trên 2 tàu kiểm ngư của ngành…

Đến nay, trong tổng số 12.770 tàu thuyền hoạt động nghề cá trong toàn tỉnh chỉ còn trên 500 tàu, thuyền chưa được đăng ký, đăng kiểm, chủ yếu là tàu thuyền có công suất máy chính nhỏ hơn 20CV.