Vân Đồn có 68% diện tích đất tự nhiên là rừng và đất rừng. Rừng trên nhiều đảo xưa có nhiều lâm sản, trong đó có nhiều loại gỗ quý (như lim, táu, nghiến, mun, kim giao) đặc biệt là gỗ mần lái (làm đình Quan Lạn) không thấy ở các nơi khác; nhiều chim thú quý (khỉ lông vàng, voọc đầu bạc, đại bàng đất, công, trĩ, hươu sao, lợn rừng...). Đảo Ba Mùn là một rừng nguyên sinh đã từng được quy định là rừng quốc gia bảo vệ thiên nhiên (24-1-1977) nay vừa được Chính phủ cho thực hiện Dự án xây dựng “Vườn quốc gia Ba Mùn” với nhiều chương trình và vốn đầu tư lớn.