Cô Tô có nguồn hải sản phong phú. Nằm trong khu hệ cá vịnh Bắc Bộ, ngư trường Cô Tô có gần 1000 loài cá, trong đó khoảng 60 loài có giá trị kinh tế cao là đối tượng đánh bắt như: cá hồng, song, mú, thu, chim, nục, trích, bạc má ...Các loài giáp xác, nhuyễn thể cũng có trữ lượng lớn: tôm rồng, mực, trai ngọc, bào ngư, ngao, sò, ốc. Cạnh đảo Cô Tô còn hai bãi trai ngọc, ở Cẩu Thầu Mỉ có bãi bào ngư đã từng được khai thác tốt.