Theo đó, thành lập Khu bảo tồn biển Cô Tô - Đảo Trần có tổng diện tích 18.414,92 ha bao gồm phân khu chức năng 13.230,50 ha (Phân khu chức năng gồm: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt 3.219,65 ha; phân khu phục hồi sinh thái 3.245,82 ha và Phân khu dịch vụ - hành chính 6.765,03 ha) và vùng đệm 5.184,42 ha.

Nhân giống san hô sừng tại Cô Tô

Khu bảo tồn biển Cô Tô - Đảo Trần được thành lập nhằm bảo tồn, phục hồi và phát huy giá trị đa dạng sinh học, đặc biệt là đa dạng các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng, đặc thù, các loài, nguồn gen nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ, nét đẹp, cảnh quan tự nhiên độc đáo của vùng biển Cô Tô, Đảo Trần phục vụ phát triển nghiên cứu khoa học, giáo dục, du lịch phù hợp với các quy hoạch phát triển kinh tế xã hội an ninh quốc phòng và tăng cường vai trò cộng đồng quản lý bảo tồn, khai thác và sử dụng hợp lý, bền vững tài nguyên thiên nhiên. Mục tiêu cụ thể: (1) Bảo tồn các hệ sinh thái tự nhiên, đặc thù và quan trọng như rạn san hô tại Cô Tô con, Thanh Lân, cụm đảo hòn Ngựa, đảo Trần, hòn Bắc Bồ Cát; rừng ngập mặn, bãi triều rạn đá và các quần thể thuỷ sinh vật; (2) Phục hồi, tái tạo tự nhiên kết hợp với nhân tạo hệ sinh thái rạn san hô tại các khu vực đã bị suy thoái như Hồng Vàn, Bắc Vàn, hòn Đặng Vạn Châu, hòn Khe Trâu… và nguồn lợi sinh vật, tạo nơi kiếm ăn và cư trú cho các loài sinh vật biển và bãi giống, bãi đẻ cho các loài hải sản; (3) Bảo vệ, phục hồi và phát triển quần thể của các loài sinh vật biển quý hiếm, có giá trị bảo tồn, đặc biệt các loài di cư như Vích, Đồi mồi, Đồi mồi dứa và Rùa da, Cá heo không vây…; (4) Lưu giữ, bảo tồn và phát triển các nguồn gen nguy cấp, quý, hiếm, được ưu tiên bảo vệ của đặc khu Cô Tô như Sá sùng, Tu hài, Ốc đĩa, Hải sâm đen, Cá song, Bào ngư… thông qua việc thực hiện các đề án khoa học công nghệ, các dự án, các mô hình xã hội hóa bảo tồn đa dạng sinh học của nhà nước và cộng đồng; (5) Bảo vệ và phát triển đa dạng sinh học, cảnh quan thiên nhiên độc đáo của biển Cô Tô, Đảo Trần để phục vụ cho nghiên cứu khoa học, giáo dục và khai thác các giá trị không tiêu hao của các hệ sinh thái biển và cảnh quan đảo cho du lịch sinh thái, du lịch mạo hiểm, du lịch nghỉ dưỡng…