Theo đó, Cục Di sản văn hóa thỏa thuận Hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công bảo tồn, tôn tạo di tích Chùa Hồ Thiên với nội dung: Tôn tạo nhà Tổ, nhà nội tự, nhà khách, Am Hàm Rồng, nhà thất, nhà bếp, nhà vệ sinh. Tuy nhiên cần lưu ý một số vấn đề như: không xây dựng nhà tăng; Điều chỉnh vị trí xây dựng nhà thất, nhà bếp, nhà vệ sinh theo nội dung dự án đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thẩm định tại Công văn số 237/BVHTTDL-DSVH ngày 19/01/2017. Đối với phương án tôn tạo nhà Tổ: Việc bố trí cửa sổ tại vách trục 2 và trục 7 tại các bản vẽ mặt bằng, mặt cắt và chi tiết vách V2 chưa thống nhất; không ốp đá mặt bệ thờ; không thiết kế cốn ở vị trí bảy và không thiết kế lá đề, đầu dư. Thềm Am Hàm Rồng chỉ xây 03 bậc. Đối với hệ thống đường giao thông nội bộ: Do hồ sơ chưa có bản vẽ thiết kế đường, thiết kế hệ thống thoát nước, vì vậy, Cục Di sản văn hóa chưa có cơ sở xem xét, có ý kiến; Phương án sử dụng đèn cao áp chiếu sáng dọc đường đi là chưa phù hợp.

Hồ sơ thiết kế cần bổ sung, hoàn thiện một số nội dung như: điều chỉnh tên Hồ sơ thành “Hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công tu bổ, tôn tạo di tích Chùa Hồ Thiên” theo tên dự án đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thẩm định tại Công văn số 237/BVHTTDL-DSVH ngày 19/01/2017. Bổ sung giải pháp bảo vệ nền móng khảo cổ tại khu vực có các công trình tôn tạo, xây dựng mới. Quy định cụ thể nội dung giám sát khảo cổ trong quá trình thi công, trường hợp phát hiện di tích và hiện vật cần có biện pháp bảo vệ và lập hồ sơ, điều chỉnh trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định. Đánh giá cụ thể tác động của việc thi công tới môi trường, cảnh quan di tích (khối lượng đất, đá phải san gạt, số cây lớn cần chặt...) và đề xuất giải pháp khắc phục. Bổ sung nội dung tu bổ, bảo tồn tại chỗ nền Chính điện, nhà bia và khu tháp cổ.